Masjid yang dibangun sejak tahun 2012 di areal lahan seluas 5.266 meter persegi pada masa pemerintahan kejayaan Bupati H. Sunarna, S.E, M.Hum, dirampungkan dan digunakan secara regular di masa pemerintahan bupati Sri Hartini.
Lahan tempat masjid Agung Al-Aqsha ini berdiri dulunya merupakan terminal Bus utama di Klaten sedangkan lahan parkir dan tamannya tadinya adalah salah satu gedung SMA Negeri 3 Klaten. Terminal Bus Utama Klaten kemudian dipindahkan ke dekat jalan lingkar Klaten.
Alamat: Jl. Jogja - Solo, Peraksangkal, Jonggrangan, Klaten Utara, Kabupaten Klaten, Jawa Tengah 57435